Tình hình Mông Cổ sau khi Triều Nguyên bị đuổi khỏi Trung Quốc
Năm 1368, Triều Nguyên bị đuổi khỏi Trung Quốc. Tuy nhiên, sau khi chạy về Mông Cổ, vua Nguyên vẫn tiếp tục dùng quốc hiệu cũ, lịch sử gọi là Bắc Nguyên.
Từ đây, tình hình chính trị ở Mông Cổ rất hỗn loạn. Tộc Mông Cổ lại phân liệt thành nhiều bộ tộc như Urianha, Oirát, Tácta, trong đó tộc Tácta tương đối mạnh hơn và đây cũng là bộ tộc của vua Mông Cổ. Đến năm 1404, vua Mông Cổ bỏ quốc hiệu Nguyên và xưng là Tác Ta khan.
Đến cuối thế kỉ XV, khan của tộc Tácta là Batu Mongke lại thống nhất được Mông Cổ. Ông tự xưng là Đayan khan tức là vua của nước Đại Nguyên. Sau 64 năm trị vì, năm 1543, Dayan khan chết, Mông Cổ lại bị phân liệt. Trước kia, Mong Có chỉ chia thành hai miền Đông và Tây, sau khi Đayan khan chết, Đông Mông Cổ lại chia làm hai miền Nam và Bắc, lấy sa mạc Gỗ Bỉ làm ranh giới. Đó là nguồn gốc của hai miền Ngoại và Nội Mông Cổ sau này.
Trong quá trình ấy, khi thống nhất cũng như phân liệt, Mông Cổ thường xâm nhập cướp bóc miền biên cương phía bắc của Trung Quốc. Thậm chí trong cuộc tấn công Trung Quốc năm 1449, Minh Anh Tông đã bị bắt. Sang năm 1450, sau khi triều Minh đồng ý mở lại chợ để trao đổi sản phẩm, Anh Tông mới được trả về Trung Quốc.
Các cuộc chiến tranh xâm lược của Thành Cát Tư Hãn và những người thừa kế ông ta đã để lại những hậu quả xấu cho xã hội Mông Cổ. Cư dân Mông Cổ bị tản mát khắp nơi ở hai châu Á, Âu trong đó có một số rất đông vĩnh viễn cắt đứt mọi liên hệ với Tổ quốc, do đó số dân Mông Cổ bị giảm sút nghiêm trọng.
Những cuộc nội chiến liên miền sau khi Mông Cổ rút khỏi Trung Quốc, những cuộc chiến tranh xảy ra thường xuyên giữa Mông Cổ và Trung Quốc càng làm cho tình hình chính trị Mông Cổ không ổn định, kinh tế không phát triển được.
Trong hoàn cảnh lịch sử ấy, đầu thế kỉ XVII, người Nữ Chân, Kiến Châu thành lập nước Kim và lăm le thôn tính các nước láng giềng. Sách lược của nước Kim là muốn liên minh với các bộ tộc ở Nam Mông Cổ để tấn công Trung Quốc. Lúc bấy giờ ở miền Nam Mong Cổ có nhiều tiểu quốc, trong đó mạnh nhất là hãn quốc Saharơ. Kẻ thống trị ở đây là Ligođan khan, chất của Đayan khan. Trước sự lôi kéo của Kim và do bị Saharơ thường xuyên tấn công, nhiều tiểu quốc ở miền Nam Mông Cổ thần phục nước Kim, trái lại Saharơ thì liên kết với Trung Quốc để chống Kim.
Năm 1628, Kim tấn công Sahara, Ligodan Khan phải chạy lên phía bắc. Năm 1632, quân Kim được sự phối hợp của các bộ tộc Mông Cổ khác ồ ạt tấn công Ligođan khan. Được tin, Ligodan khan đem theo bộ hạ chạy sang phía tây rồi đến năm 1634 thì bị chết vì bệnh. Năm 1635, Kim lại tấn công Saharơ, người con của Ligodan khan là Etu, không chống nổi, phải đầu hàng và đem ấn ngọc của triều Nguyên nộp cho Kim. Năm 1636, đại hội của 49 vương công ở miền Nam Mông Cổ do Kim triệu tập tuyên bố thừa nhận sự thống trị của vua Kim. Thế là miền Nam Mông Cổ chính thức biến thành một bộ phận của nước Kim và về sau gọi là vùng Nội Mông Cổ. Cũng năm ấy, Kim đổi tên thành Thanh.
Sau khi thôn tính được vùng Nội Mông Cổ, nhà Thanh chuẩn bị chinh phục miền Bắc và miền Tây Mông Cổ. Bộ tộc Mông Cổ cư trú ở miền Bắc gọi là người Khankha, còn ở miền Tây là các bộ tộc hậu duệ của bộ tộc Dirát, trong đó đến cuối thế kỉ XVII, mạnh nhất là bộ tộc Junke.
Nhân khi các vương công của bộ tộc Khankha chém giết lẫn nhau, năm 1688, vương công của bộ tộc Junke là Ganđan đem quân tấn công bộ tộc Khankha, chiếm được miền Bắc Mông Cổ.
Năm 1690, lấy lí do truy kích bộ tộc Khankha, quân của Gandan xâm nhập vùng Nội Mông Cổ. Việc đó đã tạo nên cái cớ để triều Thanh gây chiến tranh với bộ tộc Junke. Năm 1697, khi Gandan đi chinh chiến bên ngoài, ở địa bàn của tộc Junke xảy ra vụ cướp ngôi, Gandan không quay về được, nhân đó Thanh đem quân bao vây, Gandan phải tự tử. Cũng từ đó, bộ tộc Khankha ở miền Bắc Mông Cổ chính thức thần phục triều Thanh, về sau địa bàn cũ của họ gọi là Ngoại Mông Cổ.
Đến năm 1757, sau hơn nữa thế kỉ khi hoà, khi chiến, khi hàng, khi chống, bộ tộc junke bị triều Thanh đánh bại hoàn toàn. Vua Càn Long nhà Thanh cho rằng bộ tộc Mông Cổ này phần trắc, không thể đoái thương được, bèn ra lệnh thẳng tay tần sát. Kết quả là bộ tộc Junke vốn có hơn 200.000 hộ đến đây chỉ còn lại khoảng 1/10, trong đó ngoài số bị chết vì chiến tranh lâu dài và dịch bệnh, số bị quân Thanh giết hại chiếm đến 3/10. Như vậy, toàn bộ nước Mông Cổ bị đế quốc Thanh thôn tính.
